Eine mit include eingebundene Textdatei lässt sich gar nicht mehr formatieren, weil der Text dann an Stelle, wo der include erfolgt, 1 zu 1 im Quelltext steht.
BTW: Einbinden von Texten per include() ist unklug - das macht man eigentlich nur, um Code an eine bestimmte Stelle einzubringen. Lies die Textdatei lieber in eine Variable ein und gib diese mit nl2br($variable) aus, dann hast du erstmal die Absätze so, wie sie angedacht waren. Dann kannst du den Ausdruck noch von allen möglichen HTML-Elementen umgeben, um Formatierungen vorzunehmen