Das Problem liegt an spezifischen Formatierungen des Office-Programms. Wenn es dem Benutzer deiner Webanwendung zuzumuten ist, dass er den Text zwischenzeitlich mal in Notepad kopiert und dann nochmal in die Textarea, dann könnte das Abhilfe bringen.
Alternativ könntest du für die Textarea den WYSIWYG-Editor "TinyMCE" einsetzen. Dort gibt es die Funktionen "Paste from Word" und "Paste as Plain Text", die Formatierungen entsprechend behandeln.
Evtl. wirst du auch fündig, wenn du im Netz mal nach diversen Cleanup-Filtern suchst. Oder aber du extrahierst dir die entsprechenden Funktionen aus dem TinyMCE-Code (Lizenz beachten!).